进入第二轮游戏，首先需要完成一周目主线剧情并击败四大天王和前任冠军。通关后系统会自动存档，这时候重新读取存档就会发现游戏从真新镇的家门口开始。大木博士会主动来找你，如果图鉴收服数量超过60种，他会帮你升级到全国图鉴模式。接下来就可以开启全新的二周目冒险了。
二周目的关键任务是前往一岛修好通信机器。从枯叶市乘船到达一岛后，去岛上的网络中心找NPC对话，得知机器需要红宝石才能运行。这时候需要前往灯火山，在右边会遇到两个火箭队余党，击败他们后进入洞穴深处找到红宝石。拿到红宝石后回去交给NPC，他会告诉你还需要一块对应的蓝宝石，并给你彩虹通行证和七岛的船票。
在五岛右侧的空地击败几个火箭队小兵后会发现他们的仓库，但暂时无法进入。从五岛向上冲浪再向左走有个小岛，岛上的老爷爷会送你一个怪兽蛋。继续向右走到尽头是不归洞穴，在最深处会遇到一个女孩，战斗后送她回家并完成对话。然后去六岛，从右侧海滩冲浪进入标记森林，穿过森林后到达变化洞窟，按顺序掉进洞里就能找到蓝宝石。
拿到蓝宝石后会被跟踪的NPC抢走，但他会留下火箭队仓库的密码。回到五岛的仓库输入密码进入，在右上角找到NPC击败他就能拿回蓝宝石。最后返回一岛的网络中心交付蓝宝石，通信设备就修好了。这时候可以自由穿梭七岛，还能挑战训练师之塔和探索更多隐藏区域。记得顺便去抓三神鸟和超梦，它们都在固定地点等着你。
完成这些任务后二周目剧情基本结束，但游戏不会真正完结。你可以继续收集图鉴、挑战训练师或培养精灵。如果想体验更多内容，记得多和NPC对话，有些隐藏剧情和道具需要特定条件触发。二周目的世界比一周目更自由，尽情享受冒险吧。
